Als voetballer kende Jan Wouters een rijke loopbaan. Via FC Utrecht kwam de verdedigende middenvelder in 1986 bij Ajax terecht om vervolgens via FC Bayern München in 1994 naar
PSV te gaan.
Daarnaast speelde Wouters zeventig interlands voor het Nederlands elftal en gaf hij de winnende assist op Marco van Basten in de halve finale tegen West-Duitsland op het EK 1988. Bij PSV sloot Wouters zijn carrière in 1996 af met winst in de KNVB Beker.
Na zijn loopbaan was Wouters in het seizoen 2006/2007 en aan het begin van het seizoen 2007/2008 assistent-trainer van PSV onder Ronald Koeman. Toen Koeman in oktober 2007 vertrok naar Valencia CF nam Wouters op interim-basis zijn taken over om vervolgens op 1 januari 2008 weer assistent te worden van Sef Vergoossen.
Na het teleurstellende seizoen 2008/2009, waarin PSV vierde eindigde in de Eredivisie en vroegtijdig afscheid moest nemen van coach Huub Stevens, vertrok ook Wouters bij de club en werd hij assistent-coach van de club waar hij zijn loopbaan begon: FC Utrecht.
Voor zijn overstap vanuit de Domstad naar Ajax in 1986 had Wouters echter een gruwelijke hekel aan de Amsterdammers. ''Toen ik bij FC Utrecht speelde, was er altijd wel haat naar Ajax. Dat was denk ik meer uit een calimero-gevoel'', vertelt de oud-middenvelder in gesprek met Rob Jansen in de podcast 1 op 1 met Rob Jansen.
Nadat de hoofdstedelingen interesse toonden in Wouters, was de haat voor Ajax als sneeuw voor de zon verdwenen mede dankzij het feit dat Johan Cruijff destijds coach was. ''Toen Tonny Bruins Slot bij mij thuis kwam en zei dat Johan Cruijff mij graag bij Ajax wilde hebben, was de haat voor de club heel snel verdwenen'', herinnert Wouters zich nog.
Uiteindelijk speelde Wouters van 1986 tot 1991 voor Ajax om vervolgens te verkassen naar FC Bayern München. In Amsterdam won de oud-PSV'er onder meer een landstitel, een KNVB Beker, een UEFA Cup en de voormalige Europa Cup II.